在使用论文查重软件时，首先要确保使用正版授权的软件，避免侵权问题。其次，要注意保护个人隐私信息，不要将敏感信息上传至公共平台。另外，在提交论文前，建议先进行自查，保证文献的原创性。同时，不同的查重软件可能会有不同的使用规则和算法，建议在使用前仔细阅读相关说明书。

除了注意软件的正版授权和个人隐私保护外，还应该留意论文查重软件的使用频率。频繁使用同一款软件可能会被检测到，影响论文原创性的判断。此外，了解软件的查重原理和算法，有助于避免误判和提高查重效率。在使用过程中，及时保存查重报告和相关证据，以防止纠纷发生。